CITEI organiza-se por linhas e projetos de Investigação; cada linha ou projeto de investigação é coordenado por um membro do CITEI, designado de Investigador Responsável.
Os projetos em curso articulam-se com as grandes linhas de investigação definidas pelas unidades supra-institucionais nas quais os seus membros se encontram integrados, nomeadamente o grupo “Média e Jornalismo” do CECS, Centro de Estudos de Comunicação e Sociedade, da Universidade do Minho, e o CIAC, Centro de Investigação em Arte e Comunicação, da Universidade do Algarve, no âmbito do qual o CITEI/ISMAI, como instituição participante, promove a apoia as atividades do grupo “Narrativas digitais e estudos intermédia.”